Nyilvánosan is szót emelt az egyházi iskolák államosítása ellen, amiért 1948-ban ismét letartóztatták, de ezúttal életfogytiglanra ítélték. 1955-ben a fegyházbüntetést megszakították, és házi őrizetbe került Felsőpetényen. Innen 1956. október 30-án megszabadult, Pálinkás-Pallavicini Antal által, aki először Rétságra, majd Budapestre szöktette. Az 1956-os forradalomban rádióbeszédeket mondott, fogadta a külföldi delegációkat, és felmentette a kommunistákkal együttműködő papokat a hivatalukból. 1956. november 4-én, mikor hazánkat ellepték a szovjet tankok, kénytelen volt az amerikai követségre menekülni, így Mindszenty fő közellenséggé vált. 1971. szeptember 28-án akarata ellenére, de a pápának tett ígérete végett elhagyta Magyarországot. Találkozott VI Pál pápával is, aki mellkeresztjét és gyűrűjét is neki ajándékozta. Később saját akaratából a magyar prímások alá tartozó bécsi szemináriumba, a Pázmáneumba ment, ahol haláláig élt. 1975 májusában halt meg az Irgalmasok Kórházában, Bécsben.